वैक्यूम पैकेजिंग के संरक्षण का सिद्धांत यह है कि वैक्यूम पैकेजिंग मशीन द्वारा वैक्यूम पैकेजिंग का मुख्य कार्य भोजन को खराब होने से बचाने में मदद करने के लिए ऑक्सीजन को हटाना है। सिद्धांत भी अपेक्षाकृत सरल है. चूँकि भोजन में फफूंदी और ख़राबी मुख्य रूप से सूक्ष्मजीवों की गतिविधियों के कारण होती है, अधिकांश सूक्ष्मजीवों (जैसे फफूंद और यीस्ट) को जीवित रहने के लिए ऑक्सीजन की आवश्यकता होती है, और वैक्यूम पैकेजिंग पैकेजिंग बैग और खाद्य कोशिकाओं से ऑक्सीजन निकालने के लिए इस सिद्धांत का उपयोग करती है, ताकि सूक्ष्मजीव खो जाएँ उनका "अस्तित्व का माहौल।"
प्रयोगों से पता चलता है कि जब पैकेजिंग बैग में ऑक्सीजन की सांद्रता 1% से कम या उसके बराबर होती है, तो सूक्ष्मजीवों की वृद्धि और प्रजनन गति में तेजी से गिरावट आएगी। यदि ऑक्सीजन सांद्रता 0.5% से कम या उसके बराबर है, तो अधिकांश सूक्ष्मजीव बाधित हो जाएंगे और प्रजनन करना बंद कर देंगे। (ध्यान दें: वैक्यूम पैकेजिंग सूक्ष्मजीवों के प्रजनन और एंजाइम प्रतिक्रियाओं के कारण भोजन की गिरावट और मलिनकिरण को रोक नहीं सकती है, इसलिए इसे अन्य सहायक तरीकों, जैसे प्रशीतन, त्वरित ठंड, निर्जलीकरण, उच्च तापमान उपचार, विकिरण उपचार, के साथ जोड़ा जाना चाहिए। माइक्रोवेव उपचार, नमकीन बनाना रुको।
सूक्ष्मजीवों के विकास और प्रजनन को रोकने के अलावा, खाद्य ऑक्सीकरण को रोकने के लिए वैक्यूम डीऑक्सीजनेशन का एक और महत्वपूर्ण कार्य है। चूँकि वसा और तेल में बड़ी मात्रा में असंतृप्त वसीय अम्ल होते हैं, वे ऑक्सीजन की क्रिया के तहत ऑक्सीकृत हो जाते हैं, जिससे भोजन का स्वाद खराब हो जाता है। इसके अलावा, ऑक्सीकरण से विटामिन ए और विटामिन सी की भी हानि होती है, और खाद्य रंगद्रव्य में अस्थिर पदार्थ रंग को गहरा करने के लिए ऑक्सीजन से प्रभावित होते हैं। इसलिए, डीऑक्सीजनेशन भोजन को खराब होने से रोक सकता है और उसके रंग, सुगंध, स्वाद और पोषण मूल्य को बनाए रख सकता है।
